水質をきれいに保つ
水のコンディションはアホロートルの飼育にとても重要ですが、特に外えらが汚染物質にとても敏感なアホロートルにとっては水が飼育の決め手です。水質を維持するには、きめの細かい管理と同様に定期的な水換えが必要です。1週間に一回程度の少量の水換えを継続していて、水が臭くなったり、汚れが目立たないようであれば、水質がきちんと維持できていれば安定できている証拠です。掃除と管理の効果をきちんと実感しながら楽しく管理しましょう。
水換えの目的は、基本的には食べ残したエサやフン、枯れた水草などの老廃物を取り除くことです。水槽内のバクテリアによる窒素循環を理解しましょう。どの淡水域（池、湖、川、水槽やバケツの水）でも窒素循環は基本的に同じです。
ミジンコから魚、アホロートルまで、その中間の生き物もすべて含めて、水生生物が食べて消化・吸収した後の老廃物は、ほとんどがアンモニアとして排泄されます。高濃度のアンモニアは有毒です。ですから飼育個体が多すぎる水槽（または池）の水は、崩れた水質バランスを改善する対策を取らない限り、有毒になり、悪臭を放つようになります。そのような環境で飼われている個体はやがて死んでしまいます。
生物ろ過のメカニズム
最初に小さな水生生物がアホロートルに食べられて、次に老廃物が直接的、間接的に有毒のアンモニア（NH3）として水に排泄されます。ろ過器と底砂に定着する亜硝酸菌が酸素を使ってアンモニアを分解して亜硝酸塩（NO2）になりますが、この亜硝酸塩もアンモニアに比べて毒性がやや低いものの、極めて低い濃度でも毒性があります。
ただしこの亜硝酸塩は生き物にとってはアンモニアよりも有害な一面があり、これは亜硝酸塩が水から酸素を奪うことが原因で、高濃度の場合は毒性に関わらず酸素不足ですぐに死んでしまいます。
その後、ろ過器と底砂に定着する硝酸菌が亜硝酸塩を分解して硝酸塩（NO3）を作ります。硝酸塩は高濃度の場合のみ有毒で、一部は栄養素として水草に吸収されます。そして定期的な水換えによって大半の硝酸塩は取り除かれ、一部は底砂に定着するバクテリアによってさらに他の物質に変換されます。
つまり、老廃物は分解されて（30日～60日以上かけて）最後には水草などの肥料になります。この肥料が水草の成長を促し、成長した水草はアホロートルが食べる小さな水生生物に食べられます。このように窒素循環が繰り返されます。
理想的なろ過バランス
自然界では、亜硝酸菌と硝酸菌は水面や底砂、周囲の土壌など、どのような水域にもいて、自然循環のプロセスで生み出されるどんな老廃物も分解できるほどたくさん存在しています。水槽でも自宅に作った池でも、自然循環のバランスと違う点は個体数です。
2～3個体につき水槽の幅は少なくとも90cmは欲しいところですが、これでも自然界と比べるとはるかに過密です。このように個体数が多すぎる場合の管理には、必要な量のバクテリアが存在できるだけの広い水面を作り、多すぎるタンパク質や硝酸塩を取り除く必要があります。
ろ過器の取り付けと管理、層の厚い底砂、できれば硝酸塩を吸収してくれる水草を少々、それに定期的な水換えで汚染物質を取り除く、これが水槽内の環境のバランスを保つ最適な方法です。
水槽内の不純物はどれも水より重いため、水換えは必ず水槽の底から（サイフォンなどを使って）行わなければならなりません。そうしないと、有毒な物質が溜まり、底の方の水の酸素が欠乏します。サイフォンで底の方の水をくみ上げるのはわりあいに簡単で、底砂の奥深くから汚染物質やゴミを取り除いてくれますから、毎週行えば水槽をきれいに保てます。
水道水の危険性
水道水を使用は苦労して作り上げたろ過環境（有益なバクテリア）を簡単に殺します。これは私たち人間は飲料にも用いる水道水が「清潔」「安全」であってほしいと思う以上仕方のないことです。水道水にボウフラ、アカムシ、ミジンコがわき、藻が発生したら大騒ぎです。そうならないように、水道局は水をろ過・浄化してから規定量の塩素で殺菌してから配水します。人体には影響が無く、有害無害に関わらずバクテリアを死滅させる水道水は、とても優れたシステムです。
生活環境下では水換えに使えるような自然な水は手に入らないので、水道水に塩素除去剤を使うか、1日程度汲みおきし放置することでカルキを抜きます。可能であれば太陽光が当たる屋外に24時間放置し、さらに水槽と同じ屋内にしばらく置いて水温をあわせます。
ろ過器のスポンジや底砂はバクテリアの住処なので決して水道水では洗わないようでください。生物ろ過の仕組みと、水道水の危険性を理解していれば、水換えで水道水を使えない理由はありません。
カルシウムやマグネシウムなどの塩類を除去した軟水であっても、塩ベースの軟化剤や、電気的に処理して軟化した水にもクロラミンと硝酸塩が残るものもあり、ミネラルウォーターも水生生物にとって有毒な濃度の銅とリン酸が含まれていることがあるのでご注意ください。
