アホロートルは飼育されてきた歴史があるので様々な色や種類があります。
アホロートルの品種の数についてははっきりしていません。公式に認められているAmbystona mexicanumは、色、大きさ、習性にはかなりのばらつきがあり、別種の個体と間違われることがよくあるからです。学名でさえ50年代のSiredan mexicanaから現在のAmbystona mexicanumに変わりました。異なる親から生まれる子もまた、いろいろなタイプがあるのでしょう。
野生種の体色で一番多いのが緑（日本ではマーブルと呼ばれている品種）です。実際には褐色や黒色、暗褐色のまだら模様で、目は青く、斑点があります。敵の目をごまかすためのカモフラージュと考えられています。長年飼育・品種改良されてきたため、さまざまな体色が生まれる可能性があります。
体の小さな幼いアホロートルは捕食者に食べられないように体には縞模様やまだら模様のあることが多く、成熟すると目立たたなくなります。視力が弱く補色の苦手なアルビノは成長が遅かったり、野生種に近いマーブルは生長が早いなど大きさの関わりは多少ありますが、アホロートルの行動や特性は個体による異なりが大きいため、体色に関連付けるのは難しいです。
色素を持たない白色または単色の個体は「アルビノ」と呼ばれています。交配種以外はどれも野生種の体色を改良したものですが、アルビノは自然界ではほとんど確認されていません。おそらくアルビノは視力が悪いため捕食するのも苦手で、さらに捕食者の目に付きやすいため自然下では生存が難しいのでしょう。
アルビノにはまったく体色がありませんが、目はピンク色をしています。たいていは、ほとんど色のない皮膚を通して血液が透けて見えるため体色はピンク色に見えます。ストレスにさらされると血圧が上がり紅潮します。
マーブル系は基本的には黒がベースとなっていますが、カモフラージュのためにまだら模様があり、腹の方はたいてい少し色が薄くて灰色をしています。まだら模様の出方は不規則で個体差がありいろいろです。
めずらしいタイプではゆるい縞模様とか透明なまだら模様まであります。どのタイプも多かれ少なかれ光を反射する金色のまだら模様があります。マーブルは野生種の体色ですから、他のタイプよりも早く大きく成長します。
ゴールデンの体は黄色味が強く出たアルビノのような種類で、ラメのように光るまだら模様があり、その金色の目は実際には白に近いとても薄い黄色から真っ黄色までいろいろです。
純粋なゴールデンは暗色の色素は持ちませんが、色と斑点の出方は個体によって異なります。成熟すると「指先」の色がとても黒っぽくなる個体もいます。
「ウーパールーパー」と聞いて最初に連想するのは、体色が白で黒目のリューシスティックではないでしょうか。
リューシスティックには目立つラメのような光るまだら模様がほぼなく、たいていピンクがかって見えます。これは血管が透けてみえるためで、やはりストレスがかかるとピンク色が濃くなります。顔の周りに暗褐色や黒のまだら模様がある個体は「ハーレキン」とも呼ばれています。
ブラック（メラノイド）の体色は黒ずんで、すすのように光沢がなく、反射する（ぴかぴかした）まだら模様はありません。劣性遺伝子の交配種であるこの品種は、臆病な性格で他の品種より小柄なことが多いです。